Casi treinta años

El engaño de Jack le sale caro a Will, que es interrogado y torturado por Traje y Gafas a petición de Sark para sacar una información que Will no conoce. Desesperado, Sark llama Sydney y organiza un intercambio de su amigo por los objetos robados. Will es torturado, donde le quitan una muela y luego le inyectan suero de la verdad Se plantea así una carrera contrarreloj (el encuentro es en 24 horas) donde Sydney y Jack han de robar material de la CIA para poder realizar el intercambio. Dixon descubre a Sydney intentando entrar en una instalación de máxima seguridad de la agencia gubernamental y, aunque la deja escapar, confiesa que no sabe si informará de su actitud o no. A su vez, padre e hija han de trabajar a solas ya que Jack está seguro de que el topo de la CIA podría ponerlos en peligro. Sloane se ve en una disyuntiva: si asesina a su mujer, como demanda la Alianza, se convertirá en miembro de pleno derecho de esta nefaria organización. De este modo, Sloane organiza una romántica cena con Emily donde le cuenta toda la verdad sobre el SD-6 y toma una decisión final. La desaparición de Will hace que Abby entregue el sobre con el artículo sobre el SD-6 a Litvack, la editora del periódico, tal y como era deseo de Will. Litvack decide publicar la historia en portada. Jack captura a Haladki y tras interrogarle, éste admite que es el topo y que ha estado trabajando para Kashinau. Jack, furioso por la actitud de Haladki, que ha puesto conscientemente a Sydney en peligro, decide acabar drásticamente con el problema. Con los objetos en la mano y el plan trazado, Sydney y Jack están listos para volar a Taipei, pero se les une un nuevo aliado: Vaughn, que ha descubierto los planes de la pareja y quiere ayudarlos. El encuentro entre Sark y Jack tiene los resultados esperados y Will, visiblemente asustado y herido, es rescatado sin problemas. Syd y Vaughn se dirigen al laboratorio taiwanés para detonarlo y eliminar el artefacto Rambaldi que se está construyendo a partir del prototipo que Sydney tuvo que robar tiempo atrás (La Verdad sea Dicha). En su misión Sidney destruye el artefacto de rambaldi y este estalla lleno de agua.Sidney corre y ve a Vaughn y los dos juntos empiezan a correr mientras que la puerta se está cerrando.Sidney logra pasar la puerta y vaughn no y queda atrapado en un pasillo inundado con agua, mientras que Sydney es apresada al intentar salvar a su amigo. La agente Bristow despierta encadenada a una silla, en el mismo sitio donde fue interrogada hace un año, y frente a ella se encuentra Alexander Kashinau. Sydney habla con él, pero Kashinau le informa de que será ella la que deba responder a las preguntas que su jefe tiene que hacerle. Resulta que él no es el Hombre. El Hombre entra en la habitación y con una voz vagamente familiar se dirige a Sydney: «Llevo casi treinta años esperando este momento…» y Sydney responde: «¡¡¿MAMA?!!…»