El Soul Translator es una interfaz que interactúa directamente con el fluctlight del usuario, algo así como el alma humana, y difiere fundamentalmente del método anterior de envío de señales al cerebro. El instituto RATH apunta a perfeccionarlo con la ayuda de Kazuto Kirigaya, que trabaja allí como empleado a tiempo parcial para probar las capacidades del sistema. Según el contrato de confidencialidad, cualquier recuerdo creado por la máquina en el mundo virtual se borra al regresar al mundo real y Kazuto sólo puede recordar vagamente un solo nombre, Alice, que le produce inquietud. Cuando Kazuto acompaña a Asuna Yuuki a su casa una noche, se encuentran con un enemigo conocido de la época de SAO y Kazuto cae fatalmente herido en la lucha y pierde el conocimiento. Cuando despierta, descubre que se ha sumergido por completo en el Inframundo, aparentemente sin forma de escapar. Se embarca entonces en la búsqueda de un camino de regreso al mundo físico una vez más.