A pesar de la derrota de la pontífice de la Iglesia Axioma, las cosas todavía no parecen haberse calmado. Al ponerse en contacto con el mundo real, Kazuto Kirigaya «Kirito» descubre que la Ocean Turtle, una plataforma marina controlada por RATH, ha sido asaltada. Debido a un cortocircuito repentino causado por los asaltantes, el fluctlight de Kirito se daña, dejándolo catatónico. Desconfiando de los miembros de la Iglesia Axioma, Alice se lleva consigo al catatónico Kirito de vuelta a su pueblo natal, Rulid, sin tener en cuenta su destierro. Ahora, Alice vive una vida ordinaria y pacífica cerca del pueblo, deseando que Kirito se recupere. Sin embargo, la tragedia la golpea cuando Alice se da cuenta de que el Territorio Oscuro ya ha comenzado a invadir el Imperio Humano. Al retomar su papel anterior como Alice Synthesis Thirty, promete derrotar al Territorio Oscuro para defender el mundo por el que Kirito y Eugeo lucharon para protegerlo.