Fox Mulder ha sido abducido. Tras estar tantos años investigando lo referente al campo paranormal; la interacción entre este ámbito y el doctor ya es un hecho. Mientras tanto, Scully sigue a la búsqueda de su desaparecido amigo pero, esta vez, no lo hará sola. Le acompañarán el líder de una fuerza especial del FBI, John Doggett, y la especialista en rituales criminales, Mónica Reyes. Scully deberá lidiar frente a todas estas complicaciones con los añadidos del inminente nacimiento de su bebé y una amenaza oculta que espera su momento para atacar.