Los Expedientes X parecían haber acabado. Sin embargo, 14 años más tarde, hay indicios de nuevos sucesos relacionados con extraterrestres. Los inspectores Fox Mulder y Dana Scully vuelven a reunirse cuando el FBI recibe un testimonio de varias mujeres que aseguran, basándose en sus memoria fragmentada, la extracción de sus respectivos fetos tras una abducción. Los dos agentes, junto a Walter Skinner y varios viejos conocidos, abrirán de nuevo los expedientes referidos al mundo paranormal para afrontar esta renovada amenaza.