Durante un viaje a Yokohama, Kenshin entabla amistad con un guerrero llamado Shigure, casualmente en la guerra civil que precedió el nacimiento de la era Meji ambos se encontraban luchando en diferentes bandos. Ambos parecen compartir el mismo desprecio por la violencia que el conflicto armado generó, pero las verdaderas intenciones de Shigure son distintas a las suyas. Con el objetivo de impedir un nuevo derramamiento de sangre, Kenshin pone rumbo hacia Tokio. Allí descubrirá que los fantasmas de su pasado aún le persiguen.